В 1993 году Atari вновь решает обойти все существующие на тот момент консоли, создав 64-битную игровую приставку. Через некоторое время на рынке появляется Atari Jaguar, особенно учитывая тот факт, что она была разработана при участии IBM. Но ажиотажа на приставку не было, от этого положение Atari на рынке игровой индустрии становились все хуже.

В 1996 году произошел крах Atari Jaguar, после чего Atari слилась с корпорацией JTS и занялась изготовлением компьютерных носителей на жестких дисках. После слияния двух компаний было заявлено о прекращении выпуска Atari Jaguar.

Пока Nintendo и Sega пытались бороться за рынок 16-битных консолей, Atari планировала захват рынка видеоигр после 7-летнего перерыва. В то время велась разработка многопроцессорной консоли фирмой Flare 1, но из-за большого количества трудностей ей пришлось сблизиться с Atari Corp. Совместными усилиями была разработана консоль Flare 2 (Panther). Но идея с «Пантерой» быстро затихла, уступив свое место 64-битному «Ягуару».

К 1995 году Atari, взявшись за ум, выпустила дополнение в виде CD-ROM. Jaguar CD представлял собой двухскоростной CD-ROM, позволяющий проигрывать как игры Jaguar, так и аудиодиски. Также дополнение было оснащено встроенным слотом видеоэффектов, реагирующий на музыку или звуки. Подключалось это чудо к приставке через слот картриджей, но имел свой аналогичный слот.

Но в это время все внимание геймеров было сосредоточено на 32-битных консолях от Sony и Sega, которые так же имели CD-ROM. Чтобы привлечь к себе внимание, Atari стала распространять многочисленные слухи про выпуск Jaguar II. Компанию уже никто не воспринимал всерьез и скоро все позабыли о ней.